In this specific context, I'd put my money on your first assumption: behoudens andersluidende conventionele bepaling >> unless otherwise provided for by collective agreement
See for instance:
De werkgever die zijn werknemers naar België detacheert, moet voor de arbeidsprestaties die in België worden verricht, de arbeidsvoorwaarden (met inbegrip van loon- en tewerkstellingsvoorwaarden) naleven die bepaald worden door Belgische wettelijke, bestuursrechtelijke (koninklijke besluiten) of conventionele bepalingen (CAO's) die strafrechtelijk worden beteugeld.
http://www.werk.belgie.be/defaultTab.aspx?id=6224In other words, in the first example from your source text the idea quite simply seems to be that the relevant provision of the 'arbeidsreglement' applies unless otherwise provided for by collective agreement.
As to 'conventionele verlofdagen', this seems to refer to non-statutory paid leave, i.e.
bovenwettelijke verlofdagen in the sense of 'verlofdagen toegekend bij cao (op sector- of ondernemingsniveau)'. See f.i.
https://www.groups.be/1_81320.htm?rdeLocaleAttr=nl