to convert into phagemid-based sequences

French translation: Convertir (voir explication)

07:37 Jul 11, 2006
English to French translations [PRO]
Science - Genetics / Genetic engineering
English term or phrase: to convert into phagemid-based sequences
Hybridization of the probes to the cDNA library was carried out ... [...]
Hybridization-positive clones were found only with the first three of the oligonucleotide probes listed above. Those clones were *converted into phagemid-based sequences* following standard procedures and were sequenced. The largest inserted nucleotide sequence found amongst the hybridization-positive clones was ...

Que fait-on ? On récupère les duplex formés et on les insère dans des phagemides ??
Merci !
Jean-Marc (X)
France
Local time: 10:03
French translation:Convertir (voir explication)
Explanation:
Une "cDNA library" est une banque d'ADNc constituée de plasmides. Il s'agit donc de fragments déjà clonés. On sélectionne les clones "intéressants" par hybridation avec des oligonucléotides, puis, on insère les plasmides en entier dans un phagemide. Ceci permettra d'obtenir par la suite des copies simple brin du fragment d'ADNc cloné. Voir lien cours de Bio Mol p30 et suivantes.
Donc traduction possible par cloner, intégrer, etc. Mais "convertir" (ou autre terme équivalent) est mieux car l'objectif du chercheur est de pouvoir obtenir des copies simple brin du fragment d'ADNc cloné. Pour cela il faut d'abord "convertir" un plasmide en phagemide.

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Note added at 7 hrs (2006-07-11 15:20:14 GMT)
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Jean-Marc, vous avez compris je pense que l'auteur désigne la "séquence clonée" lorsqu'il parle de "clone".
Vous avez compris aussi que pour convertir cette séquence clonée il faut insérer le plasmide en entier dans le phagemide.
Selected response from:

Rose-Marie Le Deuff
Local time: 10:03
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Merci Rose-Marie et Catherine. Ceci dit, Catherine a utilisé le verbe transformer ds son sens le + strict (le phage « devient » un véhicule), pas ds le sens transformer un procaryote/transfecter un eucaryote, distinction terminologique qu’elle connaît très certainement. L’expression « conversion lysogénique » me paraît approprié mais peut-être trop éloigné de l’original pour que je l’utilise ici ?
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Summary of answers provided
5 +1Convertir (voir explication)
Rose-Marie Le Deuff
5ci-dessous
Catherine GUILLIAUMET


  

Answers


1 hr   confidence: Answerer confidence 5/5
ci-dessous


Explanation:
Je présuppose que notre confrère sait ce que signifie "to convert". Le problème n'est pas là !
conversion lysogénique :
http://www.microbes-edu.org/etudiant/gene2.html

Ces gènes ont fait l'objet d'une conversion lysogénique standard suivie d'un séquençage.

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Note added at 3 hrs (2006-07-11 11:16:55 GMT)
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en utilisant des vecteurs phagénides, c'est-à-dire de simples phages.

Catherine GUILLIAUMET
Local time: 10:03
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Notes to answerer
Asker: Non, je suis biochimiste et donc pas à l'aise avec toute cette cuisine !

Asker: <Réfléchissez 2 secondes.> Restons courtois, Catherine !

Asker: (Je parlais de votre "Réfléchissez 2 secondes".)

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33 mins   confidence: Answerer confidence 5/5 peer agreement (net): +1
Convertir (voir explication)


Explanation:
Une "cDNA library" est une banque d'ADNc constituée de plasmides. Il s'agit donc de fragments déjà clonés. On sélectionne les clones "intéressants" par hybridation avec des oligonucléotides, puis, on insère les plasmides en entier dans un phagemide. Ceci permettra d'obtenir par la suite des copies simple brin du fragment d'ADNc cloné. Voir lien cours de Bio Mol p30 et suivantes.
Donc traduction possible par cloner, intégrer, etc. Mais "convertir" (ou autre terme équivalent) est mieux car l'objectif du chercheur est de pouvoir obtenir des copies simple brin du fragment d'ADNc cloné. Pour cela il faut d'abord "convertir" un plasmide en phagemide.

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Note added at 7 hrs (2006-07-11 15:20:14 GMT)
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Jean-Marc, vous avez compris je pense que l'auteur désigne la "séquence clonée" lorsqu'il parle de "clone".
Vous avez compris aussi que pour convertir cette séquence clonée il faut insérer le plasmide en entier dans le phagemide.


    Reference: http://www.ipbs.fr/formation/biotech/complementcoursdeug.pdf
Rose-Marie Le Deuff
Local time: 10:03
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Merci Rose-Marie et Catherine. Ceci dit, Catherine a utilisé le verbe transformer ds son sens le + strict (le phage « devient » un véhicule), pas ds le sens transformer un procaryote/transfecter un eucaryote, distinction terminologique qu’elle connaît très certainement. L’expression « conversion lysogénique » me paraît approprié mais peut-être trop éloigné de l’original pour que je l’utilise ici ?
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Asker: Merci pour votre réponse. Puis-je dire, par exemple, que l'on convertit ces clones plasmidiques en les insérant dans des phagemides ? Est-ce le sens ? Merci.


Peer comments on this answer (and responses from the answerer)
agree  Catherine GUILLIAUMET: Non, on ne convertit en aucun cas un plasmide en phage, ce qui est totalement impossible, on transforme simplement le phage en "véhicule = vecteur" du plasmide. Réfléchissez 2 secondes. Merci!
3 hrs
  -> Merci mais aAttention, le terme de "transformation" est consacré aux bactéries. On ne "tranforme" pas un plasmide!
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