Мне кажется, эта ссылка многое проясняет.
http://www.corteconti.it/Ricerca-e-1/Gli-Atti-d/cartella/Doc...
У обоих слов не одно значение. Protocollo - это регистрация как процесс ("addetti al protocollo", "Ufficio di protocollo"), а также журнал ("falsa è risultata l’annotazione sul protocollo della corrispondenza in uscita", "la falsificazione del protocollo"). Protocollo d'ufficio - журнал ("...prima della falsificazione del protocollo d’ufficio, le cui pagine, peraltro, non sono state certo alterate negli anni precedenti").
Оба используются также для обозначения входящего или исходящего номера, то есть вместо numero di protocollo ("per reperire un numero di protocollo") говорят просто protocollo или protocollo d'ufficio. В этом случае разницы нет.