Il modo più esatto (e più italiano) di rendere l'espressione è a mio avviso "applicazioni di routine della stereomicroscopia in fluorescenza", come dice,proprio alla fine, il secondo link proposto da ilbardo (che, trattandosi della Zeiss, va in effetti considerato autorevole).

In realtà, però, dato che la frase comincia con "stereomicroscopio", si può pensare che ripetere la parola "steromicroscopia" sia un inutile appesantimento, e quindi optare per ""stereomicroscopio per applicazioni di routine in fluorescenza", che dice esattamente la stessa cosa