Рискну предположить, что "комиссионным порядком" попросту означает специальной комиссией.

11.2. Все иностранные и российские суда загранплавания, прибывающие из-за границы в порт или убывающие за границу, подлежат пограничному, таможенному и другим видам контроля, который **производится комиссионным порядком**.
11.3. Пограничный контроль иностранных и российских судов загранплавания производится, как правило, у причалов порта. При необходимости пограничный контроль судов производится на внешнем рейде при силе ветра до 15 м/сек и волнении моря не более двух баллов. **Доставка комиссии** на судно, стоящего на рейде, и обратно обеспечивается за счет агентирующей судно организации.
www.levltd.ru/?rs=42&unit=160