The vanilla seeds are obtained by removing the husk (cáscara) from the vanilla pod. In other words, the pod has been stripped of/exhausted of the seeds.

Buscando información encontré la misma definición que se le da en inglés: Se trata de una vainilla de la cual se ha extraído la mayor parte de su base aromática. Se tritura la vainilla y se vuelve a utilizar (nada que ver con la vainilla en polvo).

"Agotado" es jerga química usual en procesos de extracción de aceites o productos químicos (como la vainillina) de una semilla o producto natural, típicamente por contacto reiterado con un solvente extractor. Cuando ya no es económico seguir procesando el mismo material porque ya se extrajo una cantidad del producto que interesa, se dice que ese material está agotado (no el producto).

Si uno googlea "extraccion agotada semilla" encuentra miles de referencias a estos procesos de extracción, y "harina agotada", "semilla agotada", etc.

Las semillas son las que están agotadas, no la vainilla, por lo que se debe decir agotadas en plural.

"granos/semillas de vainilla agotada" no es correcto. "semillas con vainilla extraible agotada" sería correcto.