Jest tu szereg ryzyk:
- problemy administracyjne związane z błędami w zgłoszeniu emisji
- kary finansowe związane z niewypełnieniem obowiązku umorzenia (bardzo wysokie - 100 EUR za uprawnienie - mogące doprowadzić do bankructwa przedsiębiorstwa)
- niestabilność i wysokie upolitycznienie rynku uprawnień do emisji
- ryzyka prawne związane z kupowaniem uprawnień określonych typów (ERU i CER) z niepewnych źródeł (głównie w II KPRU, czyli do 2012 roku, ale ryzyko nadal istniejące dla niektórych instalacji)
- ryzyka związane z niezabezpieczeniem waluty na zakup uprawnień (dla instalacji w krajach operujących walutą inną niż euro)
- ryzyka związane z nieprawidłowym oszacowaniem emisji

i wiele innych, zależnie od rodzaju instalacji (lub przewoźnika w przypadku lotniczych uprawnień do emisji na terenie Unii Europejskiej) i lokalizacji geograficznej.